İstanbul’da doğdu (1786). Babası Mehmed Emin Şükûhi Efendi, annesi Nefise Hanım’dır. Üç nesil hekimbaşı yetiştirmiş bir aileden gelmektedir. Özel olarak aldığı ilk eğitiminden sonra Süleymaniye medreselerinde tabii ve dini ilimler tahsil etti (1801). Aynı yerde Tıp Medresesi’ni bitirip müderris ve hekim oldu. Çeşitli rütbelerle bazı medreselere tayin edildi. Eski Saray’a hekimbaşı, bir yıllık Keşan sürgünlüğünün ardından sırasıyla Yeni Saray’da hassa hekimi, asâkiri hassa hekimbaşısı ve Tıbhânei Âmire’ye nâzır oldu. Nihayet ağabeyinin vefatıyla onun yerine hekimbaşı tayin edildi (1834). 1847’ye kadar iki defa azledilip tekrar aynı görevine getirdi. Aralarda Tıbhane nazırlığı ve Rumeli kazaskerliği yaptı.
Mahmud’un nedimliğini de yapan (1836) Abdülhak Molla İstanbul Bebek’teki yalısında vefat etti ve II. Mahmud Türbesi haziresine gömüldü. Tıbbiye mektebinin açılması ve modern anlamda kurulmasında, salgın hastalıklara karşı etkin önlemler alınmasında, anatomi derslerinin cesetler üzerinde uygulamalı olarak yapılmasında rolü olduğu gibi eczacılıkla da uğraşmış, halk ilaçları üzerinde çalışmalar yapmıştır.
Şairliği de olan Abdülhak Molla’nın şiirleri bir divan halinde bir araya getirilmemiştir. Hekimbaşılığı sırasında sarayda ecza dolabının üzerine yazdığı söylenen “Ne ararsan bulunur derde devadan gayrı” dizesi ünlüdür.
II. Mahmud’un 1828 Rus Savaşı sebebiyle Rami Kışlası’nda oturduğu 582 günün hatıralarından oluşan Târîhi Livâ ve yine II. Mahmud’un ölümüne sebep olan hastalığı ile ilgili gözlemlerinden oluşan Rûznâme adlı eserleri bulunmaktadır.
Sultan Mahmud’un hastalığı sırasında padişahla beraber Büyük Çamlıca’ya çıkmıştır. Tepenin eteklerinde, Yusuf İzzettin Efendi Köşkü’nün yanında ve bir bağın ortasında köşkü vardı. Burada çiçek yanında çeşitli meyveler de yetiştirmiştir. Ayrıca Küçük Çamlıca’da bir köşkü daha vardı. O köşk sonradan çocuklarına ve daha sonra da şair Abdülhak Hâmid Bey’e intikal etmiştir. Bu ikinci köşk, Sarıkaya mevkiindeydi.