Aynı yıl Batı Almanya’nın Münih şehrindeki Ukrayna Hür Üniversitesi Tarih Bölümü’nde başladığı doktora eğitimine Amerika Birleşik Devletleri’nin Wisconsin eyaletinin Madison şehrindeki Wisconsin Üniversitesi Tarih Bölümü’nde devam eti ve 1990’da bu üniversitede tarih dalında Felsefe Doktoru ünvanını kazandı. 1991 yılından bu yana Bilkent Üniversitesi Uluslararası İlişkiler Bölümü’nde öğretim üyesi olarak görev yapmakta olan Hakan Kırımlı, 2000 yılında Harvard Üniversitesi’nde, 2016 yılında da Stanford Üniversitesi’nde misafir öğretim üyesi olarak bulunmuştur.
Hakan Kırımlı’nın yerli ve yabancı dergilerde çıkmış pek çok makalesinin yanısıra, National Movements and National Identity among the Crimean Tatars (1905-1916) (Leiden, 1996), aynı çalışmanın Türkçe versiyonu mahiyetindeki Kırım Tatarlarında Millî Kimlik ve Millî Hareketler (1905-1916) (Ankara, 1996), Türkiye’deki Kırım Tatar ve Nogay Köy Yerleşimleri (İstanbul, 2012), Dmitriy Vasilyev ve Galina Dlujnevskaya ile birlikte yazdığı Eski Fotoğraflarda Bir Zamanlar Kırım / Крым в прошлом в старых фотографиях (1. Baskı: Ankara, 2006; Gözden geçirilmiş 2. Baskı: Ankara, 2017), Nicole KançalFerrari ile birlikte hazırladığı Kırım’daki Kırım Tatar (Türk-İslâm) Mimârî Yadigârları (1. Baskı: Ankara, 2016, Gözden geçirilmiş 2. Baskı: Ankara, 2021) ve İsmail Türkoğlu ile birlikte yazdığı İsmail Bey Gaspıralı ve Dünya Müslümanları Kongresi (Tokyo, 2002) başlıklı kitapları ile İsmail Bey Gaspıralı (Ankara, 2001) başlıklı bir kitapçığı bulunmaktadır. Ayrıca, başta İsmail Bey Gaspıralı İçin (Ankara, 2003) başlıklı geniş makaleler derlemesi olmak üzere birçok kitabı da yayına hazırlanmıştır.